全基因組甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS),是結合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和NGS高通量測序技術(shù),對有參考基因組的物種在全基因組水平進(jìn)行單堿基分辨率的甲基化檢測,適合各種類(lèi)型的樣本(細胞、全血、組織、病理切片、血漿cfDNA等)普遍用于人、動(dòng)物及農林牧漁等方向的高水平甲基化研究。
用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
已經(jīng)完成人、動(dòng)植物等幾十個(gè)物種, 5000+例樣本W(wǎng)GBS項目經(jīng)驗;
已完成常規樣本、復雜樣本(FFPE)及微量樣本(血漿cfDNA)多種樣本類(lèi)型項目;
嚴格WGBS建庫質(zhì)控和效率,Bisulfite轉化率>99%;
自動(dòng)化建庫測序流程,保障WGBS周期交付能力;
重點(diǎn)團隊發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
血漿/血清/cfDNA | 建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
細胞、全血、動(dòng)植物組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
WGBS | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
4、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
5、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
6、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
7、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
9、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
全基因組甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS),是結合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和NGS高通量測序技術(shù),對有參考基因組的物種在全基因組水平進(jìn)行單堿基分辨率的甲基化檢測,適合各種類(lèi)型的樣本(細胞、全血、組織、病理切片、血漿cfDNA等)普遍用于人、動(dòng)物及農林牧漁等方向的高水平甲基化研究。
用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
已經(jīng)完成人、動(dòng)植物等幾十個(gè)物種, 5000+例樣本W(wǎng)GBS項目經(jīng)驗;
已完成常規樣本、復雜樣本(FFPE)及微量樣本(血漿cfDNA)多種樣本類(lèi)型項目;
嚴格WGBS建庫質(zhì)控和效率,Bisulfite轉化率>99%;
自動(dòng)化建庫測序流程,保障WGBS周期交付能力;
重點(diǎn)團隊發(fā)表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量 |
血漿/血清/cfDNA | 建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA |
細胞、全血、動(dòng)植物組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
WGBS | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
4、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
5、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
6、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
7、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
9、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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