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  • 深圳市艾斯基因科技有限公司
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    0755-28507994
    深圳市艾斯基因科技有限公司

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    張老師

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    氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)

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    氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實(shí)現DNA 甲基化的精確檢測
    產(chǎn)品介紹

    oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率

    5hmC是被認為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;

    并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;

    重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;

    氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實(shí)現DNA 甲基化的精確檢測;

    而同時(shí)對樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。

    重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目

    艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;

    較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;

    嚴格的oxBS文庫構建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;

    已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及oxBS測序分析;

    助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;

    專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。

    科學(xué)方案設計

    從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

    每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

    樣本類(lèi)型和要求

    樣本類(lèi)型/文庫類(lèi)型

    樣本要求

    基因組DNA (WGBS + oxWGBS)

    總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    基因組DNA (RRBS + oxRRBS)

    總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    基因組DNA (TBS + oxTBS)

    總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    細胞、全血、新鮮冷凍組織等

    按照送樣要求準備

    備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

    信息分析

    oxBS-seq

    分析內容

    備注

    標準分析

    1、測序數據質(zhì)量評估

    過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量

    2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估

    通過(guò)內參進(jìn)行質(zhì)控文庫

    3、與參考基因組比對

    比對率和覆蓋度分析

    4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling

    評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)

    5、5mC/5hmC圖譜分析

    5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布

    6、組間差異DMR/DhMR分析

    尋找DMR/DhM及注釋

    7、差異5mC/5hmC基因分析

    DMG富集分析GO,KEGG

    8、多樣本聚類(lèi)分析

    PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律

    高級分析

    9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

    例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析

    10、其它定制化分析

    結合課題背景亮點(diǎn)挖掘

    氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)
    氧化-重亞硫酸鹽測序 (oxBS-seq)

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    oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率

    5hmC是被認為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;

    并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;

    重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;

    氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實(shí)現DNA 甲基化的精確檢測;

    而同時(shí)對樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。

    重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目

    艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;

    較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;

    嚴格的oxBS文庫構建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;

    已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及oxBS測序分析;

    助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;

    專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。

    科學(xué)方案設計

    從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;

    每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。

    樣本類(lèi)型和要求

    樣本類(lèi)型/文庫類(lèi)型

    樣本要求

    基因組DNA (WGBS + oxWGBS)

    總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    基因組DNA (RRBS + oxRRBS)

    總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

    基因組DNA (TBS + oxTBS)

    總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量

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    按照送樣要求準備

    備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

    信息分析

    oxBS-seq

    分析內容

    備注

    標準分析

    1、測序數據質(zhì)量評估

    過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量

    2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估

    通過(guò)內參進(jìn)行質(zhì)控文庫

    3、與參考基因組比對

    比對率和覆蓋度分析

    4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling

    評估胞嘧啶甲基化狀態(tài)

    5、5mC/5hmC圖譜分析

    5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布

    6、組間差異DMR/DhMR分析

    尋找DMR/DhM及注釋

    7、差異5mC/5hmC基因分析

    DMG富集分析GO,KEGG

    8、多樣本聚類(lèi)分析

    PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律

    高級分析

    9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析

    例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析

    10、其它定制化分析

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