oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實(shí)現DNA 甲基化的精確檢測;
而同時(shí)對樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型/文庫類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過(guò)內參進(jìn)行質(zhì)控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
oxBS-seq精確甲基化,單堿基分辨率
5hmC是被認為第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用;
并且在近幾年5hmC已經(jīng)作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價(jià)值;
重亞硫酸鹽測序不能區分甲基化5mC和羥甲基化5hmC,實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號;
氧化亞硫酸鹽測序,先將5hmC氧化為甲?;揎?5fC),進(jìn)而被亞硫酸鹽轉換為堿基U,實(shí)現DNA 甲基化的精確檢測;
而同時(shí)對樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現對5hmC單堿基分辨率的檢測,是羥甲基化檢測的金標準方案。
重點(diǎn)技術(shù)及質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的oxBS-seq解決方案;
嚴格的oxBS文庫構建質(zhì)控,氧化率>90%, Bisulfite轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及oxBS測序分析;
助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型/文庫類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA (WGBS + oxWGBS) | 總量≥ 5ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (RRBS + oxRRBS) | 總量≥ 2ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
基因組DNA (TBS + oxTBS) | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 50ng/ul; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、新鮮冷凍組織等 | 按照送樣要求準備 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
信息分析
oxBS-seq | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、氧化率及亞硫酸鹽轉化率評估 | 通過(guò)內參進(jìn)行質(zhì)控文庫 | |
3、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
4、5mC/5hmC位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、5mC/5hmC圖譜分析 | 5mC/5hmC在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異DMR/DhMR分析 | 尋找DMR/DhM及注釋 | |
7、差異5mC/5hmC基因分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本5mC/5hmC變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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