?全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測序(ACE-seq)
——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案!
羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區分5hmC和5mC進(jìn)行羥甲基化的研究,但兩個(gè)文庫的制備測序成本依然過(guò)高。艾斯基因針對5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing(ACE-seq)!使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)進(jìn)行脫氨,能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁,在全基因組單堿基水平對5hmC進(jìn)行高靈敏度的檢測。
技術(shù)優(yōu)勢
重點(diǎn)技術(shù)產(chǎn)品,用心服務(wù)每一個(gè)項目
專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的ACE-seq文庫構建質(zhì)控,轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及ACE-seq測序分析;
助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 提供 ≥ 2ug; 去除RNA和蛋白殘留; 濃度≥ 25ng/ul, 基于Qubit定量 |
新鮮冷凍組織 | 取不少于10-30mg(綠豆∽黃豆大?。┙M織,放置-20℃或者-80℃冰箱保存 |
培養細胞 | 提供不少于2x10*6個(gè)細胞; 收集貼壁或者懸浮細胞、用PBS洗滌1次,600g 離心5分鐘, 離心后去除上清PBS,保留細胞沉淀 |
全血樣本 | 提供0.5-2ml外周血或者白膜層; 放到1.5 /2.0ml 離心管里; 避免肝素抗凝管 |
石蠟切片FFPE | 提供 ≥ 1ug; 片段主帶大于500bp以上; 濃度≥ 20ng/ul; 基于Qubit定量 |
提供不少于15張切片,組織面積不小于1cm2, 4-10μM 厚; 腫瘤細胞比例不少于30%; 切片放到1.5 /2.0 ml 離心管里 | |
血漿/血清/cfDNA | 提供>15ng cfDNA, 沒(méi)有大片段基因組,單核小體cfDNA占比不少于50% |
提供1-4ml血漿/血清; 樣本準備注意事項見(jiàn)附件1, 提供采血管 | |
微量樣本 | 提供不少于100ng DNA, 濃度≥ 2ng/ul, 基于Qubit定量 |
其他臨床樣本 | 例如唾液, 尿液, 各類(lèi)灌洗液, 拭子, 分泌物等樣本, 咨詢(xún)技術(shù)支持 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸,建議加幾塊冰袋更安全 |
數據信息分析
CpG Island Panel | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、羥甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶羥甲基化狀態(tài) | |
4、羥甲基化分布圖譜分析 | 羥甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
5、組間差異羥甲基化DMR分析 | 尋找hDMR及注釋 | |
6、差異羥甲基化基因DMG分析 | hDMG富集分析GO,KEGG | |
7、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與基因組, 轉錄組, 代謝組等數據進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析 |
9、關(guān)聯(lián)臨床信息分析 | 結合樣本臨床信息進(jìn)行統計分析挖掘 | |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
案例分析1:小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究
Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)
研究背景:在哺乳動(dòng)物中,DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過(guò)程中的甲基化重編程。然而,5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。
研究材料:小鼠胚胎細胞(C57BL/6J)
研究方法:ACE-seq、轉錄組測序(RNA-Seq)
研究結果:
1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀(guān)
2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比,DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關(guān)性更強;
3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導致DNA復制偶聯(lián)被動(dòng)去甲基化缺陷和5hmC沉積受損;
研究結論:
表征了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀(guān),揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導的氧化之間的差異。
圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細胞DNA羥甲基組研究的實(shí)驗設計
圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細胞中5hmC的動(dòng)態(tài)變化
?全基因組羥甲基化APOBEC偶聯(lián)測序(ACE-seq)
——低成本羥甲基化5hmC單堿基分辨率方案!
羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動(dòng)物基因組上的第六堿基,在發(fā)育、衰老、神經(jīng)退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發(fā)生過(guò)程中起重要作用。盡管OX-BS能夠區分5hmC和5mC進(jìn)行羥甲基化的研究,但兩個(gè)文庫的制備測序成本依然過(guò)高。艾斯基因針對5hmC研究隆重推出新一代羥甲基化檢測產(chǎn)品?APOBEC-coupled epigenetic sequencing(ACE-seq)!使用AID/APOBEC家族DNA脫氨酶APOBEC3A(A3A)進(jìn)行脫氨,能夠特異地脫去C及5mC的氨基使其變?yōu)閁,在全基因組單堿基水平對5hmC進(jìn)行高靈敏度的檢測。
技術(shù)優(yōu)勢
重點(diǎn)技術(shù)產(chǎn)品,用心服務(wù)每一個(gè)項目
專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)羥甲基化測序技術(shù)的團隊,國內較早推出多種組合的解決方案;
嚴格的ACE-seq文庫構建質(zhì)控,轉化率>99%;
已完成多種腫瘤及哺乳動(dòng)物羥甲基化測序及ACE-seq測序分析;
助力客戶(hù)在Genome biology, Epigenetics等雜志發(fā)表多篇論文。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
人基因組DNA | 提供 ≥ 2ug; 去除RNA和蛋白殘留; 濃度≥ 25ng/ul, 基于Qubit定量 |
新鮮冷凍組織 | 取不少于10-30mg(綠豆∽黃豆大?。┙M織,放置-20℃或者-80℃冰箱保存 |
培養細胞 | 提供不少于2x10*6個(gè)細胞; 收集貼壁或者懸浮細胞、用PBS洗滌1次,600g 離心5分鐘, 離心后去除上清PBS,保留細胞沉淀 |
全血樣本 | 提供0.5-2ml外周血或者白膜層; 放到1.5 /2.0ml 離心管里; 避免肝素抗凝管 |
石蠟切片FFPE | 提供 ≥ 1ug; 片段主帶大于500bp以上; 濃度≥ 20ng/ul; 基于Qubit定量 |
提供不少于15張切片,組織面積不小于1cm2, 4-10μM 厚; 腫瘤細胞比例不少于30%; 切片放到1.5 /2.0 ml 離心管里 | |
血漿/血清/cfDNA | 提供>15ng cfDNA, 沒(méi)有大片段基因組,單核小體cfDNA占比不少于50% |
提供1-4ml血漿/血清; 樣本準備注意事項見(jiàn)附件1, 提供采血管 | |
微量樣本 | 提供不少于100ng DNA, 濃度≥ 2ng/ul, 基于Qubit定量 |
其他臨床樣本 | 例如唾液, 尿液, 各類(lèi)灌洗液, 拭子, 分泌物等樣本, 咨詢(xún)技術(shù)支持 |
備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸,建議加幾塊冰袋更安全 |
數據信息分析
CpG Island Panel | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、羥甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶羥甲基化狀態(tài) | |
4、羥甲基化分布圖譜分析 | 羥甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
5、組間差異羥甲基化DMR分析 | 尋找hDMR及注釋 | |
6、差異羥甲基化基因DMG分析 | hDMG富集分析GO,KEGG | |
7、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 8、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與基因組, 轉錄組, 代謝組等數據進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析 |
9、關(guān)聯(lián)臨床信息分析 | 結合樣本臨床信息進(jìn)行統計分析挖掘 | |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
案例分析1:小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究
Dynamics of DNA hydroxymethylation and methylation during mouse embryonic and germline development. Nat Genet 55, 130–143 (2023)
研究背景:在哺乳動(dòng)物中,DNA 5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)參與了胚胎早期發(fā)育過(guò)程中的甲基化重編程。然而,5hmC在多大程度上參與全基因組甲基化重編程仍然是未知的。
研究材料:小鼠胚胎細胞(C57BL/6J)
研究方法:ACE-seq、轉錄組測序(RNA-Seq)
研究結果:
1、親代等位基因特異性描述了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀(guān)
2、與受精卵的新生甲基化或維持性甲基化相比,DNA羥甲基化與DNA去甲基化的相關(guān)性更強;
3、小鼠受精卵中Dnmt1/Uhrf1的異常核定位導致DNA復制偶聯(lián)被動(dòng)去甲基化缺陷和5hmC沉積受損;
研究結論:
表征了小鼠早期胚胎和生殖細胞中的5hmC景觀(guān),揭示了全基因組5-甲基胞嘧啶(5mC)維持與tee介導的氧化之間的差異。
圖1 小鼠早期胚胎和生殖系細胞DNA羥甲基組研究的實(shí)驗設計
圖2 E6.5胚泡至E13.5 PGCs外胚層細胞中5hmC的動(dòng)態(tài)變化
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