簡(jiǎn)化甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS),
通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG 島區域,并進(jìn)行Bisulfite 測序;
作為高性?xún)r(jià)比的甲基化研究方法,RRBS在大規模臨床樣本的研究中具有普遍的應用;
在經(jīng)典RRBS基礎上,艾斯基因在國內較早推出強化版 RRBS,助力全基因組甲基化測序,
可覆蓋全基因組范圍內超過(guò)6-9M個(gè)CpG 位點(diǎn),>90%數量的CpG島及>85%數量的基因啟動(dòng)子。
重點(diǎn)技術(shù)質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)RRBS技術(shù)團隊之一, 國內較早推出強化版RRBS服務(wù);
已經(jīng)完成人、哺乳動(dòng)物及魚(yú)類(lèi)等多個(gè)物種, 10000+例樣本項目經(jīng)驗;
嚴格的RRBS技術(shù)質(zhì)控,MSPI酶切率>95%, Bisulfite轉化率>99%;
自動(dòng)化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
低至10ng建庫,滿(mǎn)足穿刺、流式分選、微切等微量珍貴樣本的研究;
重點(diǎn)團隊在Nature、Epigenetics、DNA Res等雜志發(fā)表多篇SCI論文;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 完整性好; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、動(dòng)物新鮮冷凍組織 | 按照送樣要求準備 |
備注1:不推薦FFPE、cfDNA等片段化樣本類(lèi)型; 備注2:不適合植物物種; | |
備注2:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
數據分析
RRBS | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、MSPI酶切及Bisulfite轉化率質(zhì)控 | MSPI酶切效率>95%; Bisulfite轉化率>99% | |
4、甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
7、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
簡(jiǎn)化甲基化測序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS),
通過(guò)酶切富集啟動(dòng)子及CpG 島區域,并進(jìn)行Bisulfite 測序;
作為高性?xún)r(jià)比的甲基化研究方法,RRBS在大規模臨床樣本的研究中具有普遍的應用;
在經(jīng)典RRBS基礎上,艾斯基因在國內較早推出強化版 RRBS,助力全基因組甲基化測序,
可覆蓋全基因組范圍內超過(guò)6-9M個(gè)CpG 位點(diǎn),>90%數量的CpG島及>85%數量的基因啟動(dòng)子。
重點(diǎn)技術(shù)質(zhì)控,用心服務(wù)每一個(gè)項目
艾斯團隊專(zhuān)注表觀(guān)組學(xué)10年,提供專(zhuān)業(yè)有價(jià)值的DNA甲基化完整解決方案;
較早開(kāi)發(fā)RRBS技術(shù)團隊之一, 國內較早推出強化版RRBS服務(wù);
已經(jīng)完成人、哺乳動(dòng)物及魚(yú)類(lèi)等多個(gè)物種, 10000+例樣本項目經(jīng)驗;
嚴格的RRBS技術(shù)質(zhì)控,MSPI酶切率>95%, Bisulfite轉化率>99%;
自動(dòng)化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;
低至10ng建庫,滿(mǎn)足穿刺、流式分選、微切等微量珍貴樣本的研究;
重點(diǎn)團隊在Nature、Epigenetics、DNA Res等雜志發(fā)表多篇SCI論文;
專(zhuān)業(yè)的生物信息分析團隊, 提供更多個(gè)性化分析思路和方案。
科學(xué)方案設計
從項目方案、樣本處理、建庫測序,到數據分析;
每個(gè)項目需要專(zhuān)業(yè)、有價(jià)值的建議;及時(shí)高效的溝通,以保障高質(zhì)量研究成果。
樣本類(lèi)型和要求
樣本類(lèi)型 | 樣本要求 |
基因組DNA | 總量≥ 1ug; 濃度≥ 30ng/ul; 完整性好; 基于Qubit定量 |
細胞、全血、動(dòng)物新鮮冷凍組織 | 按照送樣要求準備 |
備注1:不推薦FFPE、cfDNA等片段化樣本類(lèi)型; 備注2:不適合植物物種; | |
備注2:用封口膜密封樣品; 干冰運輸 |
數據分析
RRBS | 分析內容 | 備注 |
標準分析 | 1、測序數據質(zhì)量評估 | 過(guò)濾掉低質(zhì)量數據,保證數據質(zhì)量 |
2、與參考基因組比對 | 比對率和覆蓋度分析 | |
3、MSPI酶切及Bisulfite轉化率質(zhì)控 | MSPI酶切效率>95%; Bisulfite轉化率>99% | |
4、甲基化位點(diǎn)Calling | 評估胞嘧啶甲基化狀態(tài) | |
5、甲基化分布圖譜分析 | 甲基化在基因組、功能元件上的分布 | |
6、組間差異甲基化DMR分析 | 尋找DMR及注釋 | |
7、差異甲基化基因DMG分析 | DMG富集分析GO,KEGG | |
8、多樣本聚類(lèi)分析 | PCA分析多樣本甲基化變化規律 | |
高級分析 | 9、多組學(xué)整合關(guān)聯(lián)分析 | 例如與轉錄組關(guān)聯(lián)分析 |
10、其它定制化分析 | 結合課題背景亮點(diǎn)挖掘 |
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